Microscope à fluorescence est un type spécial de microscope optique qui utilise la fluorescence et la phosphorescence au lieu de ou en plus de la réflexion et de l'absorption pour étudier les propriétés des substances organiques ou inorganiques.
Largement utilisé dans des domaines tels que la biologie cellulaire et la biologie moléculaire, la médecine et la recherche clinique, les neurosciences, les sciences de l'environnement, l'immunologie, la recherche sur le cancer, etc.